В настоящее время в структуре госпиталей 16 филиалов. Среднегодовое количество стационарных коек в целом по госпиталям составляет: 1630 коек, в т.ч. хирургических - 633, терапевтических - 997, хозрасчетных – 415. Общая мощность поликлиник филиалов составляет – 4353 посещений в смену, поликлинические отделения филиалов обслуживают 225 542 человек прикрепленного населения. Медицинская помощь, оказывается, по 31 врачебной специальности.

1. ФАО «ЖГМК» - Центральная дорожная больница г. Астана;

2. ФАО «ЖГМК» - Актюбинская железнодорожная больница г. Актобе;

3. ФАО «ЖГМК» - Алматинская железнодорожная больница г. Алматы;

4. ФАО «ЖГМК» - Учебно-клинический центр г. Алматы;

5. ФАО «ЖГМК» - Атырауская железнодорожная больница г. Атырау;

6. ФАО «ЖГМК» - Жамбылская железнодорожная больница г. Жамбыл;

7. ФАО «ЖГМК» - Защитинская железнодорожная больница г. Усть-Каменогорск;

8. ФАО «ЖГМК» - Казалинская железнодорожная больница г. Казалинск;

9. ФАО «ЖГМК» - Карагандинская железнодорожная больница г. Караганда;

10. ФАО «ЖГМК» - Кокшетауская железнодорожная больница г. Кокшетау;

11. ФАО «ЖГМК» - Костанайская железнодорожная больница г. Костанай;

12. ФАО «ЖГМК» - Кызылординская железнодорожная больница г. Кызылорда;

13. ФАО «ЖГМК» - Павлодарская железнодорожная больница г. Павлодар;

14. ФАО «ЖГМК» - Семейская железнодорожная больница г. Семей;

15. ФАО «ЖГМК» - Уральская железнодорожная поликлиника г. Уральск;

16. ФАО «ЖГМК» - Шымкентская железнодорожная больница г. Шымкент.